La ciudad/prefectura de Nagasaki se encuentra en la parte noroeste de Kyushu, la tercera isla más grande de Japón, se encuentra al sur de sus cuatro islas principales, y consta de cinco penínsulas y numerosas islas. Con el mar en medio, se encuentra cara a cara con un continente, parte del cual está formado por China y la península de Corea. Por ello, Nagasaki, ha sido durante mucho tiempo un punto importante de transporte del continente Asiático. Puertos para el comercio con Portugal y Holanda también se establecieron allí en el siglo XVI. Además, ya que una vez fue el centro de la propagación cristiana, hay muchas ruinas y edificios históricos exóticos que aún permanecen dentro de la prefectura.
Casi la mitad de la superficie total de la prefectura se compone de 971 islas habitadas y deshabitadas. Hakasaki tiene muchos lugares turísticos, como el shima de Islas Kujuku, una parte de Saikai (Parque Nacional), y Dake Fugen, el pico principal del volcán Unzen-dake, que se encuentra justo en el centro de la península de Shimabara-Hanto. Huis Ten Bosch, un complejo residencial de estilo medieval, que sigue el modelo de la típica ciudad neerlandesa del siglo XVII, también es conocido como un lugar de turismo cultural.
Nagasaki está en el corazón de la Península de Nagasaki-Hanto, una ciudad portuaria que se desarrolló a lo largo de una empinada ladera de una montaña, mientras que también se extendía horizontalmente, abrazando la bahía de Nagasaki. Todos los años Nagasaki atrae a miles de turistas debido a su belleza natural, su cultura, su historia y la hospitalidad de su pueblo.
Entre los puntos turísticos más visitados de Nagasaki, está el Parque de la Paz, construido en honor a los caídos por bomba atómica al final de la Segunda Guerra Mundial y que sigue hablando al mundo sobre la importancia de la paz.

